Theo Quyết định Số: 1071/QĐ-BGTVT ngày 24 tháng 04 năm 2013 hê duyệt điều chỉnh Quy hoạch tổng thể phát triển giao thông vận tải Đường thủy nội địa Việt Nam đến năm 2020, định hướng đến năm 2030 và Quyết định Số: 4360/QĐ-BGTVT Phê duyệt điều chỉnh, bổ sung một số nội dung chi tiết thuộc Quy hoạch tổng thể phát triển giao thông vận tải đường thủy nội địa Việt Nam đến năm 2020, định hướng đến năm 2030 của Bộ GTVT Việt Nam thì cảng đầu mối Ninh Phúc kết nối với các tuyến đường thủy sau:

Quảng Ninh - Ninh Bình

Tuyến Quảng Ninh - Ninh Bình (qua sông Đào Hải Phòng, sông Luộc, từ cửa Lục đến cảng Ninh Phúc dài 264 km) được quy hoạch cấp II (riêng đoạn từ cửa Văn Úc đến cầu Khuể là cấp đặc biệt). Tĩnh không cầu quy hoạch các đoạn tuyến như sau:

• Sông Đào Hạ Lý (Hải Phòng) dài 3 km: Đoạn từ ngã ba Xi Măng (sông Cấm) đến ngã ba sông Rế, các cầu khi xây dựng mới tĩnh không tối thiểu đạt 4,75 m; đoạn từ ngã ba sông Rế đến ngã ba Niệm các cầu khi xây dựng mới tĩnh không tối thiểu đạt 7 m;
• Sông Lạch Tray, sông Văn Úc, sông Kênh Khê, sông Luộc: Các cầu khi xây dựng mới tĩnh không tối thiểu đạt 7 m;
• Đoạn sông Đào Nam Định từ ngã ba sông Đáy đến cảng Nam Định phục vụ tàu pha sông biển đến 1.000 T giữ nguyên quy hoạch cấp II; đoạn hạ lưu từ ngã ba sông Đáy đến cầu Đò Quan không cầu xây mới đạt 9 m, đoạn thượng lưu từ ngã ba sông Hồng đến cầu Đò Quan tĩnh không cầu xây mới đạt 7 m;
• Tuyến sông Đáy đoạn từ ngã ba sông Đào Nam định đến Ninh Bình, phục vụ tàu pha sông biển đến 3.000 T (giảm tải) cập cảng Ninh Phúc, điều chỉnh quy hoạch từ cấp I lên cấp đặc biệt.

Cửa Đáy - Ninh Bình

Tuyến cửa Đáy - Ninh Bình (từ cửa Đáy đến cảng Ninh Phúc) dài 72 km: Phục vụ tàu pha sông biển đến 3.000T (giảm tải) cập cảng Ninh Phúc, là tuyến đường thủy quốc gia cấp đặc biệt.

Quảng Ninh - Ninh Bình

Tuyến Quảng Ninh - Ninh Bình (qua cửa Lạch Giang, kênh nối Đáy - Ninh Cơ) từ cửa Lục đến cảng Ninh Phúc dài 178,5 km: phục vụ tàu 3.000 T (giảm tải) cập cảng Ninh Phúc, là tuyến đường thủy quốc gia được giữ nguyên quy hoạch cấp đặc biệt.

Ninh Bình - Thanh Hóa

Tuyến Ninh Bình - Thanh Hóa từ cảng Ninh Phúc đến cảng Lễ Môn dài 129 km:

• Đoạn sông Đáy từ cửa Đáy đến Ninh Bình dài 72 km, phục vụ tàu pha sông biển đến 3.000 T (giảm tải) cập cảng Ninh Phúc, là tuyến đường thủy được xây dựng từ cấp I lên cấp đặc biệt;
• Đoạn sông Lèn từ bến Đò Lèn ra cửa Lạch Sung: Điều chỉnh đạt cấp I;
• Đoạn sông Vạc, sông Lèn (từ bến đò Lèn đến ngã ba Bông), sông Mã (từ ngã ba Bông đến cảng Lệ Môn): Giữ nguyên quy hoạch cấp III;
• Các đoạn tuyến còn lại (kênh Yên Mô, kênh Nga Sơn) quy hoạch cấp IV, các cầu xây mới tĩnh không thông thuyền tối thiểu đạt 5,0 m.